연산군의 억불정책에 쫓겨 낙도를 찾아 은신한 연화도사가 제자 3명과 함께 연화봉 암자에서 전래석을 모셔놓고 도를 닦으면서 살아왔다.
그 후 연화도사가 타계하자 제자들과 섬주민들이 도사의 유언에따라 시신을 수장하니 도사의 몸이 한 송이 연꽃으로 변해 승화되었다고 하여 연화도 라 이름지었다고 한다.
연화도사를 봉양하던 제자들이 떠난 후 도사의 불심을 계승하기 위해 이 섬에 들어온 사명대사가 연화 도사의 뒤를이어 수도했다고 한다.
그 이후 사명대사께서 연화도에 들어오셔서 연화도인 토굴 터 밑에다 움막을 지으시고서 정진하시다가 크게 깨달으셔서 대도를 이루셨다.
지금도 토굴터와 대사께서 드셨던 감로천이 그대로 보존되어 있습니다.
그 후 500년이라는 세월이 흘러 1985년 쌍계사 조실이신 고산 스님께서 여러 섬들을 만행중에 연화도에 발걸음이 머무시니 연화도인과 사명대사의 수행터를 찾으시고 연화봉을 적시며 흐르는 시원하고 맑은샘(물선지)를 발견하셨다.
이 샘터를 주민으로부터 매입하시고 틈틈히 법문보시와 여비를 모아 십여년 동안 주변 산야와 전답이만 여평을 사들여 스님의 크신 원력과 사부대중의 도움으로 드디어 가람을 이루시고 동남아를 여행하시던 중 스리랑카에서 직접 부처님 진신사리를 3과 모셔와서 팔각구층탑을 세우고 자리를 봉안하신 후 사명을 <보타낙가산 연화사>라 하셨다.
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